با اين سرمايه بزرگ ونبوغ فوق‌العاده ، شيخ طوسي بيش از پنجاه عنوان كتاب به رشته تحرير درآورد كه احتمالا در جريان حريق خانه‌اش وهجرت به نجف اشرف بعضي از اين سرمايه‌هاى عالم اسلام را ، مشتاقان فضيلت براي هميشه از دست دادند . فهرست موضوعي كتاب‌هاى شيخ الف : أصول اعتقاد وكلام 1 ) أصول العقايد ؛ اين كتاب از توحيد بحث كرده وقسمتى از مسئله عدل را نوشته است . 2 ) الاقتصاد الهادي إلى طريق الرشاد فيما يجب على العباد من أصول العقايد والعبادات الشرعية . 3 ) تلخيص الشافي ؛ خلاصه كتاب « شافى » اثر سيّد مرتضى كه در دفاع از امامت وولايت نوشته است . 4 ) الغيبة ؛ كتاب حاضر كه به درخواست يكى از بزرگان شيعه نوشته است . 5 ) الكافي ، في علم الكلام . 6 ) المفصح ؛ در بحث امامت بوده وظاهرا تاكنون چاپ نشده است . 7 ) المسائل في الفرق بين النبي والامام . 8 ) ما لا يسع المكلف الإخلال به . 9 ) ما يعلل وما لا يعلل . 10 ) مقدّمة في المدخل إلى علم الكلام ؛ شيخ در فهرست دربارهء اين كتاب آورده : مانندش تأليف نشده است . 11 ) النقض على ابن شاذان في مسألة الغار . 12 ) تمهيد الأصول يا التمهيد في الأصول ؛ شرح كلام « جمل العلم والعمل » سيّد مرتضى رحمه اللّه .